Visuomenės sveikatos priežiūros pradžia Lietuvoje laikoma XIX a. antroji pusė, kai Vilniuje ir Kaune buvo įkurtos Vykdomosios sanitarijos komisijos.
1876 metais Lietuvoje įsigaliojus Miestų nuostatų įstatymas, Vilniaus ir Kauno miestuose buvo steigiamos sanitarijos tarnybos.
Tarpukario metu sanitarijos veikla, mokyklų sanitarija, mokinių sveikatos išsaugojimas, ligų prevencija, sanitarinis švietimas buvo vykdomas keleto valstybinių institucijų. Daugiausia sanitarijos srityje dirbo savivaldybės. Valstybinė sanitarijos inspekcija, pavaldi sričiai, Lietuvoje veikė iki 1945 metų, vėliau šios įstaigos tapo savarankiškomis sanitarijos-epidemiologijos stotimis.
1991 metais sanitarijos-epidemiologijos stotys reorganizuotos į higienos centrus, o nuo 1995 metų – į visuomenės sveikatos centrus apskrityse (VSC).
2000 metais dalis VSC vykdomų valstybinės higieninės kontrolės funkcijų pavestos vykdyti dviem rinkos priežiūros institucijoms – Valstybinei ne maisto produktų inspekcijai ir Valstybinei maisto ir veterinarijos tarnybai. Todėl nuo 2000 metų VSC aktyviai pradėjo vykdyti visuomenės sveikatos stiprinimo ir visuomenės sveikatos stebėsenos (monitoringo) funkcijas.
2000 m. gegužės 15 d. Sveikatos apsaugos ministerija įsteigė Valstybinę visuomenės sveikatos priežiūros tarnybą prie Sveikatos apsaugos ministerijos. Jai pavaldžiomis tapo didžioji dalis tuo metu visuomenės sveikatos srityje dirbusių įstaigų.
2006 m. nuo VVSPT pradėjo atsiskirti specializuotos įstaigos: Lietuvos AIDS centras, Respublikinis mitybos centras, Lietuvos sveikatos informacijos centras, Ekstremalių sveikatai situacijų centras, Užkrečiamųjų ligų profilaktikos ir kontrolės centras, Valstybinis psichikos sveikatos centras, Valstybinis aplinkos sveikatos centras ir kt. Joms priskirtos metodinio vadovavimo funkcijos, o VVSPT ir visuomenės sveikatos centrams – viešojo administravimo. Taip pat VVSPT struktūroje liko Nacionalinė visuomenės sveikatos priežiūros laboratorija.
2010 m. reorganizavus Valstybinį aplinkos sveikatos centrą dalis jo funkcijų perduota VVSPT.
2000 m. VVSPT vadovavo Audronė Astrauskienė.
Nuo 2001 m. iki 2004 m. – Vytautas Kriauza.
Nuo 2004 m. VVSPT direktoriaus pareigas eina Vytautas Bakasėnas.
