Žmogaus virškinimo trakte gausų įvairių bakterijų. Virškinimo sistemoje jų yra 400-500 rūšių, o bendra organizme gyvenančių bakterijų masė yra net 3-4 kg! Beveik visos žarnyne besiveisiančios bakterijos priskiriamos saprofitams (tai ligų nesukeliančios bakterijos, kurios minta žarnyne nesuvirškintais maisto likučiais). Dauguma saprofitų yra obligatinės (t. y. būtinosios) bakterijos, sudarančios didžiąją normalios žarnyno mikrofloros dalį. Mažesnę dalį sudaro fakultatyvinės (t. y. nebūtinosios) bakterijos, kurios tam tikromis sąlygomis gali sukelti įvairias ligas. Mažiausią mikrofloros dalį sudaro tranzitinės (laikinosios, trumpą laiką gyvuojančios) bakterijos. Tokie mikroorganizmai į žarnyną paprastai patenka su maistu, bet jame ilgai neišgyvena.
Terminu normali žarnyno mikroflora apibrėžiama žarnyne gyvuojančių obligatinių, fakultatyvinių ir tranzitinių bakterijų visuma. Bet koks ilgai trunkantis normalios žarnyno mikrofloros pusiausvyros sutrikimas yra vadinamas disbioze. Daugiausia bakterijų yra storajame žarnyne, burnos ertmėje ir stemplėje. Sveiko žmogaus skrandis yra beveik sterilus, o plonajame žarnyne esančių bakterijų kiekis laipsniškai didėja artėjant prie storojo žarnyno.
Tad kam gi reikalingos žarnyno bakterijos? Didžiausią (ir kiekio, ir kokybės prasme) žarnyno mikrofloros dalį sudaro obligatinės bakterijos, kurios dar skirstomos į kelias mažesnes grupes. Tai: bifidobakterijos (85-98 proc. visų bakterijų), laktobakterijos (1 proc. visų bakterijų) ir nepatogeninės E.coli žarnyno lazdelių atmainos (mažiau kaip 0,01 proc. visų žarnyne gyvuojančių bakterijų). Kaip jau minėjome, visos obligatinės bakterijos priskiriamos saprofitams, t .y . ligų nesukeliančioms bakterijoms, kurios minta žarnyne nesuvirškintais maisto likučiais. Tuo obligatinės (gerosios, naudingosios) bakterijos ir skiriasi nuo patogeninių (ligas sukeliančių), kurios maitinasi ardydamos organizmo audinius. Obligatinės bakterijos (bifidobakterijos ir nepatogeninės žarnyno lazdelių atmainos) skaido nesuvirškinto maisto likučius (pvz., sudėtingus polisacharidus), o tai padeda geriau įsisavinti maisto medžiagas. Šios bakterijos taip pat sintetina daug vitaminų ir nepakeičiamųjų aminorūgščių, palengvina geležies, kalio, vitamino D įsisavinimą. Na, o sergant disbioze vitaminų ir mineralinių medžiagų apykaita sutrinka.
Kita svarbi žarnyno mikrofloros funkcija – gaminti lizocimą, slopinantį patogeninių bakterijų dauginimąsi. Žarnyne gyvuojančios obligatinės bakterijos sudaro nepalankias sąlygas patogeninėms bakterijoms, kad šios negalėtų daugintis. Todėl į sveiko žmogaus žarnyną patekusios patogeninės bakterijos greitai žūsta. Be to, žarnyno mikrofloros pusiausvyra yra labai svarbi organizmo imuninei sistemai, todėl, susirgus disbioze, susidaro ne tik patogeninių bakterijų perteklius, bet ir susilpnėja organizmo imuninė sistema.
